Licenciado en Derecho por la Universidad de Deusto, pertenece al Cuerpo Superior de Administradores Civiles del Estado, en el que ingresó en 1984. Director de la Fundación para el Análisis y los Estudios Sociales (FAES).

Trayectoria profesional

• Posee una amplia experiencia en la Administración, donde ha desempeñado diferentes cargos de responsabilidad, entre los que destacan: secretario adjunto del Consejo Hispano-norteamericano (Ministerio de Asuntos Exteriores), subdirector general de Difusión Informativa (Ministerio del Portavoz) y consejero de Información (Embajada de España en el Reino Unido).
• En abril de 1996 fue nombrado secretario general de la Presidencia del Gobierno, cargo que desempeñó durante las dos legislaturas del Gobierno del Partido Popular.
• Ha publicado diversos trabajos sobre terrorismo, organización territorial del Estado y nacionalismo. Es colaborador del diario “El Correo” de Bilbao, perteneciente al grupo Vocento, donde publica regularmente artículos de opinión y análisis político.
• En enero de 2012 fue nombrado secretario general de la Fundación FAES, donde anteriormente dirigía el Área de Constitución e Instituciones. En enero de este año pasó a ser Director de la Fundación tras la desvinculación de esta del Partido Popular. Javier Zarzalejos dirige la revista “Cuadernos de Pensamiento Político” de FAES.